Seakatku analüüsimine

LABRISe (Riigi Laboriuuringute ja Riskihindamise Keskuse) Tartu laboratoorium on ainuke labor Eestis, kus SAKi uuringuid tehakse.

SAKi laboratoorseks diagnoosimiseks võtab proovid kas Põllumajandus- ja Toiduameti (PTA) spetsialist, veterinaararst või looma omanik. Nemad vastutavad ka proovide nõuetekohase pakkimise, märgistamise ja transportimise eest LABRISe Tartu laboratooriumisse, kus toimub SAKi analüüside tegemine. Proovi saatja kohustus on lisada proovide juurde korrektselt täidetud kaaskiri.

Laboris proov registreeritakse ja igale proovile antakse unikaalne registreerimisnumber. Kui tegemist on organproovide või toruluuga, siis liigub proov edasi patoloogia laborisse, kus patoloogid võtavad edasisteks analüüsideks uurimismaterjali ning registreerivad visuaalselt esinevad muutused. Sealt edasi liigub materjal PCR analüüse teostavasse laborisse. Vereproovid liiguvad otse PCR analüüside laborisse. Kui on vaja teha ka antikehade määramine verest, siis see toimub viroloogia laboris paralleelselt PCR analüüsimisega.

Kui analüüsid on teostatud, siis väljastab LABRIS katseprotokolli. Teatamiskohustusliku leiu puhul (sh SAK) teavitatakse leiust PTAd.

LABRIS ei vastuta proovide võtmise ja transportimise eest.

Kui proovid jõuavad Tartu laborisse enne kella 10 hommikul, siis saab testi vastuse samal tööpäeval. Hiljem saabunud proovid uuritakse üldjuhul järgmisel tööpäeval.

Juhtudel, kui Põllumajandus. ja Toiduameti spetsialist või loomaarst kahtlustab kodusigadel SAKi ning teavitab LABRISt proovide saatmisest ette, on võimalik testimist alustada esimesel võimalusel ja sel juhul saab vastuse enamasti kuue tunni jooksul.

Analüüsimise aeg laboris pikeneb, kui testi on vaja korrata või kinnitada.

SAKi uuringuteks võetakse loomalt kas veri, neer, põrn, tonsillid, aga võib võtta ka lümfisõlmed, kopsud, südame, maksa ja/või luuüdi. Teaduspõhiselt on selgitatud, missugused on viiruse sihtorganid ja iga konkreetse haiguse puhul neid uuritaksegi.

LABRISesse tuuakse enamasti uuringuks kas neeru, põrna ja/või vereproovid, mõnedel juhtudel ka toruluu, millest laboris võetakse testimiseks luuüdi.

LABRISes kasutatakse SAKi viiruse DNA määramiseks reaalaja PCR testi. See on väga tundlik, spetsiifiline ja kiirelt teostatav. PCR test võimaldab haigeid loomi tuvastada juba paar päeva pärast nakatumist − see on veel enne, kui loomadel tekivad haigustunnused. PCR testi kasutamine taudidiagnoosi panemiseks on aktsepteeritud Euroopa Liidu õigusruumis.

SAKi antikehade määramiseks kasutatakse LABRISes rutiinselt ELISA testi ja tulemuse kinnitamiseks IPT testi. Antikehade testimine on oluline, et mõista, kui kaua on viirus karjas esinenud. Neid teste ei kasutata taudidiagnoosi panekuks ega haiguse varaseks avastamiseks, sest antikehad tekivad üldjuhul 10–14 päeva pärast nakatumist.

See on tõsi, et PCR test määrab viiruse DNA esinemist uuritavas proovis. Võib tõesti olla, et vaatamata PCR positiivsele tulemusele uuritava looma organismis elusat nakkusvõimelist viirust ei esine. Teadlaste hinnangul võib selline olukord esineda juhtudel, kui tegemist on nn nõrgalt positiivse tulemusega. Kui tugev või nõrk on PCR tulemus seda näitab testiga mõõdetav ct väärtus. Näiteks ct väärtust 16–25 loetakse tugevaks positiivseks tulemuseks. See tähendab kõrget viiruskoormust ja tavaliselt ka tugevat nakkusohtu. Sellisel juhul on äärmiselt ebatõenäoline, et proovis ei ole eluvõimelist viirust.

Jah, kõik LABRISes kasutatavad testid põhinevad rahvusvaheliselt tunnustatud juhendmaterjalidel ja Euroopa Liidu referentlaboratooriumi protokollidel.

SAK analüüsimeetodid on valideeritud ja akrediteeritud ning nende tõhusust ja täpsust kontrollitakse regulaarselt sise- ja välisaudititega. LABRIS osaleb igal aastal Euroopa Liidu referentlaboratooriumi SAK alal poolt korraldatavates pädevuskatsetes. Nende tulemuste põhjal on hinnanud EL referentlaboratoorium LABRISe analüüsitulemused usaldusväärseks.

LABRIS on erapooletu ja sõltumatu labor, kus erapooletuse ja konfidentsiaalsuse nõudeid järgitakse katsetegevuse kõikides etappides alates proovide vastuvõtust kuni analüüsitulemuste väljaandmiseni. LABRIS ei ole mõjutatud rahaliselt, äriliselt ega muul survel. Selline sõltumatus on range nõue tulenevalt rahvusvahelisest katselaborite standardist EVS-EN ISO/IEC 17025:2017, mille nõudeid järgib ka LABRIS. Erapooletus tähendab ka seda, et ühtseid protseduure ja kvaliteedinõudeid järgitakse kõikide klientide proovide puhul.

PTA ja LABRIS on erinevad asutused. PTA on volitanud LABRISe sigade Aafrika katku ametliku kontrolli laboratooriumiks, mis tähendab, et PTA usaldab LABRISt. Kuna tegemist on erinevate asutustega, siis korraldab koostööd nende vahel sõlmitud leping.

LABRIS on akrediteeritud labor, mis tähendab, et kõik protseduurid on täpselt kirjeldatud labori juhtimissüsteemis. Nende protseduuride täitmist ja järgimist kontrollitakse nii sisemiselt kui ka väliste kontrollide poolt.

LABRISes SAKi analüüsimiseks kasutatav PCR analüüsimeetodid on valideeritud ja akrediteeritud. Rutiinses töös kuulub iga analüüsi juurde positiivne ja negatiivne kontroll ning PCR analüüside puhul ka kontroll, mis tõendab loomaliiki (nt SAKi uuringute puhul selle pärinemist sealt).

Teame, et selline risk võib esineda ja suhtume sellesse väga tõsiselt kõigi analüüside puhul. Kui tegemist on väga kõrge tundlikkuse ja spetsiifilisusega testiga (nagu on SAK reaalaja PCR testid), siis võib olla valepositiivse tulemuse põhjuseks proovi saastumine. Selle vältimiseks on laboris kindlad protseduurid, mida pidevalt jälgitakse. Suure mõjuga analüüsitulemuste puhul (nagu SAK kahtlus kodusigadel) kontrollitakse ristsaastumise võimalus alati enne katseprotokolli väljastamist üle ning enamasti teostatakse ka proovide korduv analüüsimine.

Hispaanias asub Euroopa Liidu ja Maailma Loomatervise Organisatsiooni (WOAH) referentlabor sigade Aafrika katku (SAK) alal. Nende üks ülesanne on toetada EL liikmesriikide referentlaboratooriumeid. Kuna LABRIS on nimetatud regionaalministri poolt riiklikuks referentlaboratooriumiks Eestis, siis on see seadusest tulenev reegel, et SAK positiivsete proovide täiendavad ja kinnitavad uuringud teostatakse just Hispaanias EL referentlaboratooriumis.

Riiklikul referentlaboratooriumil (LABRIS) on tulenevalt Euroopa õigusruumist kohustus teha koostööd Euroopa Liidu (EL) referentlaboratooriumiga (Hispaania labor). Taolise koostöö üks eesmärk on ka riiklike referentlaborite analüütilise suutlikkuse toetamine.

Tavapäraselt teostatakse EL referentlaboratooriumi poolt korduvad PCR testid, kasutades LABRISega samu protokolle. Lisaks tehakse antikehade määramine, viiruse isoleerimine ja molekulaarsete markerite määramine. See võimaldab saada täpsemat infot viiruse iseloomu kohta, võimaldab jälgida viirustüvede levikut nii riigi sees kui globaalselt, lisaks annab see teavet haiguse iseloomu kohta. Saadav info on väga oluline viiruse arengu ja haiguse evolutsiooni jälgimiseks.

Alates 2014. aastast, kui SAKi epideemia Eestis algas, on LABRIS saatnud EL referentlaboratooriumisse viirustüvede täpsemaks iseloomustamiseks enam kui 400 proovi (sh proovid kõigist kodusigade puhangufarmidest). Tulemused on olnud kokkulangevad.

Enamasti saavad kõik analüüsid tehtud 3-4 nädala jooksul, aga vahest on uuringute aeg ka pikem olnud.

Täpsemat infot Hispaania referentlaboratooriumis tehtud Nurme farmi SAKi analüüsitulemuste kohta leiad LABRISe lehelt: labris.agri.ee