Asutus tekkis Põllumajandusameti ja Veterinaar- ja Toiduameti ühendamisel, koondades sisuliselt kogu põllumajandus-toiduahela järelevalve.
Ametite ühendamine oli osa riigivalitsemise reformist, mille eemärgiks oli muuta riigiülesannete täitmise mõjusamaks ja tõhusamaks, tõsta pakutavate avalike teenuste kvaliteeti, muuta valitsussektori töökorralduse paindlikumaks ja vähem bürokraatlikuks ja vähendada valitsussektori kulutusi.
Ameti vastutusvaldkonnad on taimekaitse, taimetervis, sordikaitse, seeme ja paljundusmaterjal, mahepõllumajandus, geneetiliselt muundatud põllukultuuride käitlemine, väetised ja aiandustooted ehk puu- ja köögiviljad ning tuulekaera tõrjeabinõude rakendamine. Samuti toiduohutus, veterinaartegevus, söödaohutus, põllumajandusloomade aretus, turukorraldus, mahepõllumajandus, loomakaitse ning kutseline kalapüük.
Põllumajandus- ja Toiduameti struktuuris on keskasutus ja kaks regiooni, mis ühendavad esindusi maakondades. Põhja ja lääne regiooni kuuluvad Harju-, Rapla-, Lääne- Pärnu-, Saare- ja Hiiumaa. Lõuna ja ida regiooni kuuluvad Tartu-, Viljandi-, Põlva-, Valga- ja Võru-, Järva-, Jõgeva-, Lääne-Viru ja Ida-Virumaa.
KESKUSTE PÕHIMÄÄRUSED
OSAKONDADE PÕHIMÄÄRUSED
REGIOONIDE PÕHIMÄÄRUSED
Viimati uuendatud 09.04.2026